Con los enfoques y desarrollos propuestos y obtenidos para los estudios de la metagenómica, ahora es posible analizar los ecosistemas a pequeña y gran escala. Precisamente porque hacía falta este ‘eslabón’ que permitiera conectar y hacer aún más profundos los estudios ambientales representados en el papel y el efecto de las comunidades en los cambios biogeoquímicos, la biosostenibilidad (bioprospección y biorremediación), la filogenia de las comunidades microbiológicas, el entendimiento de las relaciones ‘comunales’ que establecen los microorganismos en sus hábitats naturales y en el conocimiento morfológico (microscópico y ultraestructural) de comunidades cultivables y no cultivables. Con esta estrategia se pueden obtener respuestas a preguntas de gran interés como: ¿qué son estos organismos?, ¿dónde se encuentran? (determinar su nicho), ¿cuánto cambian?, ¿qué hacen?, ¿cómo realizan su función?, ¿podrían los organismos homólogos más cercanos, tener funciones muy diferentes?, y finalmente, ¿cómo podemos aprovecharlos? Este tipo de abordajes le han dado también un mayor auge a la ecología molecular ya que adquiere una gran dimensión y un enorme potencial para el avance de nuevos conocimientos nunca antes logrados.
